Το Πρωτοδικείο Σάμου συστάθηκε με τον Ν. 435/07-04-1914 «Περί ιδρύσεως Δικαστηρίων εν ταις νήσοις του Αιγαίου» που δημοσιεύθηκε στο ΦΕΚ 88, τεύχος Α΄ της 11ης Απριλίου 1914 της ΕΦΗΜΕΡΙΔΑΣ ΤΩΝ ΚΥΒΕΡΝΗΣΕΩΝ ΤΟΥ ΒΑΣΙΛΕΙΟΥ ΤΗΣ ΕΛΛΑΔΟΣ.
Στην συνέχεια με διάφορους νόμους και βασιλικά διατάγματα ρυθμίστηκε η λειτουργία και η δομή των δικαστηρίων. Το έτος 2016 στο ΦΕΚ 1482 Β΄ /25-5-2016 δημοσιεύθηκε η τροποποίηση του Κανονισμού Εσωτερικής υπηρεσίας του Πρωτοδικείου Σάμου και ρυθμίστηκαν όλα τα θέματα λειτουργίας της υπηρεσίας όπως ισχύει μέχρι σήμερα.
Το Πρωτοδικείο Σάμου, όπως και οι άλλες δικαστικές υπηρεσίες στεγάζεται στο Δικαστικό Μέγαρο Σάμου που βρίσκεται στην Παραλιακή Λεωφόρο Θεμιστοκλή Σοφούλη και Θησέως στην πόλη της Σάμου.
Εκτός από το νησί της Σάμου εξυπηρετεί τα νησιά Φούρνων και Ικαρίας. Ενώ, στην δικαιοδοσία του Πρωτοδικείου Σάμου υπάγονται τα Ειρηνοδικείο Καρλοβασίου και Ικαρίας.
Στο Πρωτοδικείο Σάμου υπηρετεί ένας Πρόεδρος Πρωτοδικών και τρείς Πρωτοδίκες.
Βάσει του ΦΕΚ Β’ 1754/11-04-2022, οι προβλεπόμενες οργανικές θέσεις των δικαστικών υπαλλήλων είναι δεκατρείς (13) εκ των οποίων 11 είναι θέσεις γραμματέων, 1 επιμελητή και 1 πληροφορικής. Σήμερα είναι καλυμμένες δέκα θέσεις γραμματέων και μία πληροφορικής.